El centro cuenta, además, con un novedoso Museo de Niños, un auditorio con 450 asientos, salas de reuniones y áreas de restaurantes, servicios y estacionamientos.

El MUNA se constituye en uno de los proyectos de mayor inversión en la historia de Perú, construido a instancias del Ministerio de Cultura y con un diseño arquitectónico que remite al pasado prehispánico.

El conjunto está formado por dos edificios y ocupa un área de más de 75.000 m², ubicada en la zona arqueológica de Pachacámac, en el distrito de Lurín, en el km 31 de la antigua Panamericana Sur.

Consta de tres plantas bajo rasante (siendo el nivel -3 bajo el nivel freático), dos plantas sobre rasante y un último nivel que constituye una terraza. Adosado a este se encuentra el edificio de aparcamientos y áreas técnicas, con dos plantas bajo rasante, cuya cubierta superior conforma una gran plaza frente al museo.

Las plantas superiores se encuentran conectadas mediante rampas envolventes alrededor de un espacio central libre, que aprovecha la iluminación natural para poner en valor la colección arqueológica.

La luz entra a través de un lucernario de más de 40 metros de luz libre, con acristalamiento sobre estructura de acero y un sistema de lamas orientables automatizadas.

En su ejecución se han aplicado altos estándares de innovación y sostenibilidad, entre los que destacan el uso de la metodología Lean Construction, mediante herramientas como el Last Planner y las Líneas de Flujo, así como la implementación de BIM, empleado para la resolución de interferencias de instalaciones complejas y la simulación de realidad virtual para los equipos técnicos durante la ejecución.